科學(xué)家研究實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的空間映射

單細(xì)胞RNA測(cè)序方法可以剖析單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)，但不能保存空間信息。相反，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以檢測(cè)剖析組織切片中的空間區(qū)域，但不具備單細(xì)胞分辨率。美國(guó)德克薩斯大學(xué)研究團(tuán)隊(duì)提出一種計(jì)算方法，揭示組織中單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的空間結(jié)果。該研究近日發(fā)表在《Nature Biotechnology》上，題為：Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues。

研究人員開發(fā)了一個(gè)名為細(xì)胞跋涉（CellTrek）的計(jì)算方法。這種方法結(jié)合了單細(xì)胞RNA測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)兩個(gè)數(shù)據(jù)集，通過共嵌入和度量學(xué)習(xí)方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞的空間映射。研究人員使用模擬和原位雜交數(shù)據(jù)對(duì)細(xì)胞跋涉進(jìn)行了基準(zhǔn)測(cè)試，證明了其準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。然后他們將細(xì)胞跋涉應(yīng)用于現(xiàn)有的小鼠大腦和腎臟數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞跋涉可以檢測(cè)到不同細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài)。研究人員進(jìn)一步對(duì)兩個(gè)乳腺導(dǎo)管原位癌組織進(jìn)行了單細(xì)胞RNA測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)實(shí)驗(yàn)，并將這些數(shù)據(jù)應(yīng)用于細(xì)胞跋涉，結(jié)果表明細(xì)胞跋涉可以識(shí)別不同導(dǎo)管的腫瘤亞克隆細(xì)胞類型，以及鄰近腫瘤區(qū)域的特定T細(xì)胞狀態(tài)。

綜上所述，細(xì)胞跋涉可以準(zhǔn)確地繪制不同組織類型中的單細(xì)胞，并以此解決其空間組織問題。細(xì)胞跋涉也可以將單細(xì)胞映射到它們?cè)诮M織中的空間坐標(biāo)。

論文鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41587-022-01233-1

注：此研究成果摘自《Nature Biotechnology》雜志，文章內(nèi)容不代表本網(wǎng)站觀點(diǎn)和立場(chǎng)，僅供參考。

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